南麂列岛位于浙江省平阳县东南海域，由52个面积大于500平方米的岛屿组成，区域总面积201.06平方公里，其中陆域面积为11.13平方公里，海域面积为189.93平方公里。南麂列岛西距大陆最近点鳌江镇28海里，北距温州市50海里，南距台湾基隆港140海里，东为宽阔的东海大陆架海域。南麂列岛地处台湾暖流和江浙沿岸流的交汇处，流系复杂，锋面发达，终年海水清澈，这些独特而多样的生态环境为海洋动植物的栖息、繁衍和生长提供了十分理想的条件。据统计，南麂已查明各种门类海洋生物1826种，其中大型底栖藻类178种、微小型藻类459种、贝类427种、甲壳类207种、鱼类397种和其它海洋生物158种。尤其引人注目的是，其贝藻类资源特别丰富，两者分别约占全国海洋贝藻类种数的15%和25%，约占浙江省海洋贝藻类种数的80%，大约30%的种类以南麂海域为中国沿海分布的北界和南界，有36种贝类目前在中国沿岸仅见于南麂海域。黑叶马尾藻、头状马尾藻和浙江褐茸藻是在南麂列岛发现的世界新种，还有22种藻类被列为稀有种，体现出很好的生物多样性、代表性和稀缺性。因此，南麂列岛是我国重要海洋贝藻类的天然博物馆、基因库和“南种北移、北种南移”的引种过渡驯化和繁育基地，从而使南麂列岛获得了“贝藻王国”的美誉，引起了国内外海洋生物学界的广泛关注和高度重视。

　　南麂列岛特殊的地理位置和生态环境而形成的中国若干暖水种分布的北线和若干冷水种分布的南线，是一种很特殊的生物分布混合区或过渡区，并呈现出热带、亚热带、温带三种不同温度性质的贝藻类同时并存现象，在国内是独一无二的，在世界上也是非常罕见的，具有重要的国际保护意义和科学研究价值。

　　鉴于南麂列岛生态环境的独特性和生物资源的重要性，自上世纪50年代以来，国内外的海洋生物学家和国家有关部门曾先后100余次对南麂列岛及附近海域的生态环境和贝藻类物种资源进行科学考核和现场调查，参加人员累计达1000余人次，公开出版了科考文集1本、论文选集2本、专著4本、学术刊物专辑2期，发表学术论文200余篇，还撰写了大量的内部专题报告和文献资料。这些调查，积累了大量的资料、标本，为南麂保护区的建立奠定了坚实基础。

　　1983年，浙江省环保局开始着手建立南麂列岛自然保护区的前期调研工作，搜集了大量有较高科学研究价值的宝贵资料和文献。

　　1988年12月，浙江省海洋管理处在全国海洋自然保护区工作座谈会上提出了建立南麂列岛自然保护区的意见和设想。

　　1989年4月，平阳县人民政府批准建立我国第一个由环保部门管理的县级海洋综合型自然保护区。同月，浙江省环保局受国家环保局委托，在杭州主持召开“南麂列岛国家级海洋自然保护区建设可行性论证会”，对平阳县城乡建设环境保护局编制的《浙江省平阳县南麂列岛自然保护区规划纲要草案》进行了充分论证，并按省政府的意见，由省环保局和省海洋管理处向国家环保局和国家海洋局上报要求建立南麂列岛国家级自然保护区的报告。1989年6月，《报告》经国家海洋局综合评审后，提请国务院审定。

　　1990年9月30日，国务院批准设立南麂列岛国家级海洋自然保护区。南麂列岛成为首批5个国家级海洋自然保护区之一。1993年，南麂列岛被接纳为中国生物圈保护区网络成员单位。

　　1998年12月，在全国海洋类型自然保护区中，南麂列岛率先加入联合国教科文组织世界生物圈保护区网络，是中国目前唯一列入该网络组织的岛屿类型保护区。